根据中共中央2004年转发《中央司法体制改革领导小组关于司法体制和工作机制改革的初步意见》和2009年4月国家林业局、最高人民法院、最高人民检察院《关于印发<林业审判、检察体制改革实施意见>的通知》“将林业审判、检察机构从原所属企业或部门分离后，统一纳入国家司法管理体系”的总体要求和部署，吉林省长春林区中级法院于2012年6月开始筹备组建工作。2014年8月，经吉林省机构编制委员会、吉林省人大常委会、中央机构编制委员会和最高人民法院批复备案，撤销吉林省白山市中级人民法院分院和吉林省吉林市中级人民法院分院，设立吉林省长春林区中级法院，直接隶属于吉林省高级人民法院。
